Badanie długich niekodujących RNA przy użyciu modeli zwierzęcych ad

Podobne podejścia do hybrydyzacji, takie jak sekwencjonowanie radioimmunologiczne (RIA-seq), można również stosować do badania interakcji lncRNA-RNA (20). Inne techniki, takie jak immunoprecypitacja RNA (RIP) lub jego warianty, sieciujące immunoprecypitację (CLIP) (21, 22) i ulegające fotostabilnemu wzmocnione sieciowanie immunoprecypitacją (PAR-CLIP) (23), wykorzystują przeciwciała do oczyszczania lncRNA kompleksy białkowe. Dodatkowo, podejścia o wysokiej przepustowości do badania struktury drugorzędowej RNA, takie jak selektywne 2: hydroksylowe acylowanie i doświadczenie profilowania in vivo (icSHAPE) (24) lub selektywne acylowanie 2 -hydroksylu analizowane przez sekwencjonowanie wydłużania startera (SHAPE-seq) (25) ) również zostały opracowane. Łącznie, te techniki pokazują, że lncRNA oddziałują z różnymi makromolekułami, potencjalnie wpływając na szeroki zakres funkcji biologicznych. Figura 2Techniki do badania właściwości lncRNA i ekspresji tkankowej. (A) Te techniki obejmują ilościowy PCR (qPCR) i RNA-seq dla ekspresji transkryptu; Fluorescencja RNA ISH (FISH) lub tagowanie MS2 (128) do lokalizacji; icSHAPE (24) lub SHAPE-seq (25) dla struktur drugorzędnych; RIP, CLIP (21, 22) lub PAR-CLIP (23) dla interakcji białkowych; RIA-seq (20) dla interakcji RNA; i SCHEMAT (18) lub ChIRP (19) dla interakcji DNA. (B) Dysocjacja tkanki w pojedyncze komórki, a następnie analiza sekwencjonowania pojedynczych komórek, może poprawić czułość wykrywania lncRNA wyrażanego w mniejszości komórek w tkance. (C) Wyznakowane fluorescencyjnie komórki w tkance można zdysocjować, posortować na podstawie detekcji fluorescencji i testować ekspresję lncRNA, aby poprawić czułość wykrywania. LncRNA i choroba Zgromadzone dowody sugerują, że dysfunkcja lncRNA sprzyja chorobie (26). Warto zauważyć, że około 40% SNP związanych z chorobami lub cechami występuje w niekodujących regionach flankujących geny kodujące białka, gdzie znajduje się podklasa lncRNA, nazywana długimi międzygenowymi niekodującymi RNA, [27]. Chociaż konsekwencje funkcjonalne, jeśli w ogóle, dla wielu z tych SNP pozostają eksperymentalnie ocenione, mogą promować chorobę przez wpływ na funkcję i / lub ekspresję lncRNA (28). Na przykład, SNP w obrębie ludzkiego transkryptu zawału mięśnia sercowego lncRNA. (MIAT), który jest związany ze zwiększonym ryzykiem zawału mięśnia sercowego, również zwiększa powinowactwo wiązania MIAT do białek jądrowych (29). Ten sam SNP zwiększa również poziomy ekspresji MIAT, chociaż dokładne mechanizmy molekularne pozostają nieznane (29). Dodatkowo, w ludzkiej linii komórkowej, wiązanie lncRNA z białkowym kompleksem Mediator promuje permisywne stany chromatyny konieczne do ekspresji genu, i wykazano, że mutacje w Mediator, które powodują upośledzenie umysłowe, osłabiają jego interakcję z lncRNA (30). Alternatywny scenariusz, w którym zmiana lncRNA zakłóca jego interakcję z Mediatorem, może spowodować podobne, jeszcze mniej wyraźne efekty. Wyniki te przyczyniają się do coraz większej ilości dowodów na obecność lncRNA w chorobie. W badaniach nad wiązaniami genetycznymi odkryto nowe lncRNA, dostarczając dodatkowych dowodów sugerujących, że dysfunkcja lncRNA sprzyja chorobie. Na przykład zespół HELPP, który występuje u matek w czasie ciąży i charakteryzuje się hemolizą, podwyższonymi poziomami enzymów wątrobowych i niską liczbą płytek krwi, jest związany z wcześniej nieznanym łożyskowym lncRNA (31). Mutacje w obrębie tego lncRNA zwiększają proliferację in vitro ludzkich komórek łożyska w modelu tego zespołu (31). Dodatkowo, typu brachydacjalnego E może wynikać z przegrupowania chromosomalnego, które zakłóca lokalne interakcje między transkryptem związanym z chondrogenizacją ludzkiego lncRNA (CISTR) i przestrzenno-proksymalnym białkowym hormonem parathormonu podobnym do genu (PTHLH), zmniejszając ekspresję mRNA PTHLH ( 32). Wyniki te pokazują, w jaki sposób dysfunkcja lncRNA wpływa na procesy komórkowe z klinicznie istotnymi konsekwencjami. Warto zauważyć, że ekspresja lncRNA w ludzkich nowotworach jest powiązana z wynikami klinicznymi dla różnych nowotworów, a badania heteroprzeszczepu u myszy odegrały zasadniczą rolę w przedłużeniu tych odkryć in vivo. Na przykład, więcej niż 100 lncRNA koreluje z przeżywalnością całkowitą lub wolną od progresji dla raka jajnika, raka gruczołu krokowego, glejaka i raka płaskonabłonkowego płuc (33). Dziewięć z tych lncRNA konsekwentnie koreluje w tych podtypach raka (33). Inne przykłady obejmują lncRNA HOTAIR, który ulega nadekspresji w pierwotnych guzach piersi, a podwyższona ekspresja HOTAIR w tych nowotworach koreluje ze zwiększonym prawdopodobieństwem przerzutów i zmniejszoną ogólną stopą przeżycia (34).
[hasła pokrewne: właściwości olejku rycynowego, kalkulator kalorii na mase, ile kalorii ma mozzarella ]
[patrz też: bodyspace efekty, just fit, justfit ]